Prof. dr hab. inż. Andrzej Borkowski jest zatrudniony na stanowisku profesora zwyczajnego na Wydziale Inżynierii Kształtowani Środowiska i Geodezji Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu. Pełni funkcję dyrektora Instytutu Geodezji i Geoinformatyki od 2009 roku.
Studia geodezyjne na Oddziale Geodezji Urządzeń Rolnych Wydziału Melioracji Wodnych Akademii Rolniczej we Wrocławiu ukończył w 1984 r., uzyskując dyplom magistra inżyniera geodezji urządzeń rolnych. Stopień doktora nauk technicznych otrzymał w 1994 r. na Uniwersytecie Technicznym w Dreźnie na podstawie rozprawy pt. „Stochastisch-geometrische Beschreibung, Filterung und Präsentation des Reliefs”. W 2004 r. uzyskał stopień naukowy doktora habilitowanego w zakresie nauk technicznych, w dyscyplinie geodezja i kartografia, w specjalności geodezja na podstawie rozprawy habilitacyjnej pt. „Modellierung von Oberflächen mit Diskontinuitäten” również na Uniwersytecie Technicznym w Dreźnie. Nostryfikacja stopnia naukowego miała miejsce na Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie w 2005 r. W lutym 2013 r. odebrał z rąk prezydenta RP nominację profesorską.
Odbył liczne staże na uniwersytetach w Niemczech i Austrii (łącznie ponad cztery lata). Stypendysta DAAD, Saksońskiego Ministerstwa Nauki i Sztuki oraz programu TEMPUS.
Badania naukowe skoncentrował na metodach pozyskiwania i modelowania geodanych. Ważnym obszarem działalności naukowej jest przetwarzanie, filtracja i modelowanie danych lotniczego i naziemnego skaningu laserowego oraz chmur punktów pozyskanych z bezzałogowych statków latających (UAV). Autor i współautor nowych metod modelowania geoinformacji na podstawie danych lotniczego skanowania laserowego. W zainteresowaniach badawczych skupia się również na problematyce integracji danych z różnych sensorów, w szczególności lotniczego skanowania laserowego i interferometrii radarowej, oraz wykorzystaniu tych danych w badaniach środowiskowych oraz związanych z ruchami mas na powierzchni ziemi.
Jest autorem lub współautorem około 220 prac naukowych, w tym około 90 oryginalnych prac twórczych, w tym w czasopismach wyróżnionych w Journal Citation Reports.
Był kierownikiem pięciu grantów MNiSW/NCN oraz pięciu dalszych projektów badawczych realizowanych we współpracy z Uniwersytetem Technicznym w Dreźnie i Uniwersytetem w Stuttgarcie oraz przy wsparciu Europejskiej Agencji Kosmicznej i Niemieckiej Agencji Kosmicznej. Kierował projektem w ramach programu Climate-KIC.
Wypromował siedmiu doktorów. W latach 2006−2009 pełnił funkcję kierownika Zakładu Podstaw Geodezji, a obecnie jest kierownikiem Zakładu Kartografii, Fotogrametrii i Geoinformatyki. Jest członkiem Międzynarodowej Asocjacji Geodezji (IAG).
Członek Rady Programowej i redaktor merytoryczny Wydawnictwa Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu od roku 2006, przewodniczący Kolegium Redakcyjnego serii „Geodesy and Cartography” w EJPAU w latach 2007-2010, a od 2010 roku przewodniczy serii „Geodesia et Descriptio Terrrarum w Acta Scientiarum Polonorum. Od 2015 roku członek Editorial Board czasopisma Acta Gedynamica et Geomaterialia (IF=0.886). Wyróżniany Medalem „Lohrmann-Medaille” przez Rektora Uniwersytetu Technicznego w Dreźnie. W 2017 roku został wybrany na członka korespondenta Niemieckiej Komisji Geodezji przy Bawarskiej Akademii Nauk (Ausschuss Geodaesie der Bayerischen Akademie der Wissenschaften (DGK)).